La Fundación Baleària colabora con cerca de veinte universidades, organismos científicos y asociaciones ecologistas de los territorios donde opera.

Impulsar la investigación de flora y fauna marina y terrestre, la conservación de los ecosistemas y la divulgación son los objetivos de diversas ONG, asociaciones o universidades con las que colabora la Fundación Baleària.

A través de los acuerdos firmados con estas entidades, los barcos de Baleària se convierten en plataformas desde las que realizar avistamientos o trasladar equipos. Además, la Fundación participa en actividades educativas y divulgativas con un objetivo común: unirse y actuar a favor del medioambiente.

​​​La Fundación Baleària colabora con Palma Aquarium en el traslado de tortugas heridas.

Plataformas científicas

Técnicos y científicos de la Generalitat de Catalunya, la Asociación Pelagicus o la Universidad de Cádiz realizan avistamientos durante las travesías para monitorizar e investigar cetáceos, aves y otros animales. También, la Fundación participa en proyectos de educación medioambiental, como Expedicionaria (en colaboración con la entidad Bioeduca).

Ricard Pérez, gerente de la Fundación Baleària, afirma que «es uno de los programas más importantes que tenemos, ya que ha permitido que cientos de alumnos aprendan a apreciar la importancia del medio natural».

En lo referente a divulgación, la naviera patrocina un proyecto sobre residuos plásticos con GEN-GOB, una entidad medioambiental de las Pitiusas. Asimismo, otra vía de ayuda fundamental para las entidades es facilitar los traslados. Es el caso de instituciones como la Universitat de les Illes Balears y su equipo de investigación de la fauna y la flora terrestre, de los expertos del IMEDEA-CSIC, o del transporte de tortugas heridas a Palma Aquarium.

Desde la Fundación, Ricard Pérez recuerda que «sumando esfuerzos, entre todos contribuiremos a preservar el medio ambiente».