
La Fundació Baleària col·labora amb prop de vint universitats, organismes científics i associacions ecologistes dels territoris on opera.
Impulsar la recerca de la flora i la fauna marines i terrestres, la conservació dels ecosistemes i la divulgació són els objectius de diverses ONG, associacions i universitats amb les quals col·labora la Fundació Baleària.
Gràcies als acords signats amb aquestes entitats, els vaixells de Baleària es converteixen en plataformes des de les quals es poden fer albiraments o traslladar equips. A més, la Fundació participa en activitats educatives i divulgatives amb un objectiu comú: unir-se i actuar a favor del medi ambient.

La Fundació Baleària col·labora amb Palma Aquarium en el trasllat de tortugues ferides.
Plataformes científiques
Tècnics i científics de la Generalitat de Catalunya, de l’Associació Pelagicus o de la Universitat de Cadis fan albiraments durant les travessies per monitorar i investigar cetacis, aus i altres animals. A més, la Fundació participa en projectes d’educació ambiental, com ara Expedicionaria (en col·laboració amb l’entitat Bioeduca).
Ricard Pérez, gerent de la Fundació Baleària, afirma que «és un dels programes més importants que tenim, ja que ha permès que centenars d’alumnes aprenguin a valorar la importància del medi natural».
Pel que fa a la divulgació, la naviliera patrocina un projecte sobre residus plàstics amb GEN-GOB, una entitat ambiental de les Pitiüses. Així mateix, una altra via d’ajuda fonamental per a les entitats és facilitar-ne els desplaçaments. Aquest és el cas d’institucions com la Universitat de les Illes Balears i el seu equip de recerca de la fauna i la flora terrestres, dels experts de l’IMEDEA-CSIC o del trasllat de tortugues ferides a Palma Aquarium.
Des de la Fundació, Ricard Pérez recorda que «sumant esforços, entre tots contribuirem a preservar el medi ambient».
Vídeo que dona veu a algunes de les entitats ambientals col·laboradores.